שיטות הניקוי של כיסאות בית ספר משתנות בהתאם לחומר, אך העקרונות הכלליים הם לשמור עליהם נקיים, להימנע מפגיעה בציפויים משטחים ולבצע תחזוקה שוטפת.
עבור כסאות בית ספר מפלסטיק, הניקוי השגרתי הוא פשוט יחסית; ניתן לנגב כתמי שטח עם מטלית לחה, תוך שימוש בכמות קטנה של חומר ניקוי ניטרלי במידת הצורך. ניתן לקרצף בעדינות כתמים עיקשים עם מברשת- רכה, אך יש להימנע מצמר פלדה או מחומרי ניקוי מאכלים מאוד כדי למנוע שריטות או פגיעה במשטח.
בעת ניקוי כיסאות בית ספר מעץ, הימנעו משימוש במים מוגזמים כדי למנוע מהעץ להתעוות עקב רטיבות. בדרך כלל, די בניגוב במטלית רכה יבשה או מעט לחה. אם יש כתמים, ניתן להשתמש בניקוי עצים מיוחד; בנוסף, ודא שהכסאות נשמרים בסביבה-מאווררת ויבשה היטב כדי למנוע עובש או סדקים.
כיסאות מתכת לבית ספר דורשים תשומת לב בנוגע למניעת חלודה. נגב אבק וכתמים עם מטלית לחה וודא שהמשטח יתייבש היטב, הימנעות מחשיפה ממושכת לתנאי לחות. אם מופיעה חלודה מקומית, ניתן לשייף קלות את האזור ולציפוי מחדש בצבע נגד-חלודה כדי להאריך את תוחלת החיים של הכיסא. ניקוי ותחזוקה קבועים מבטיחים ביעילות שכסאות בית הספר יישארו נקיים ובטוחים לשימוש.